Obor stomatologie, který začal být respektován jako svébytný od 30. let 20. století. Nicméně ošetřování zubů, respektive pulpy, praktikovali již starověcí Řekové a Římané, kteří devitalizovali zubní pulpu kauterizací horkou jehlou nebo vroucím olejem. Z konce prvního století existují zprávy o drénování bolavých zubů jejich provrtáním do dřeňové dutiny. Ani v moderní době plné „zázračných léků“ není lepší metoda léčby bolesti u abscedujících zubů. Potom endodontické vědění ustrnulo až do 16. století, kdy byla popsána základní anatomie pulpy. Koncem 19. století se endodoncie zabývala zmírňováním bolestí a hlavní funkcí bylo připravit otevřený kanálek k retenci umělé korunky. Tento úkol se znásobil s rostoucí popularitou umělých můstků (kdy některé dentální školy doporučovaly pilířové zuby předem devitalizovat). Devitalizace se zjednodušila zevedením injekční anestezie (první mandibulární anestezie 4% kokainem byla provedena v roce 1884) a o 20 let později bylo vyrobeno první syntetické anestetikum – prokain. K dalšímu rozvoji endodoncie rozhodně přispěl objev rentgenu (Roentgen, 1895), který měl pro stomatologii i vizuálně popularizační efekt. V roce 1911 William Hunter zaútočil na americké dentální školy a obvinil jejich „můstkovou terapii“, která prý způsobuje rozličné choroby neznámé etiologie. Tomu odpovídaly i RTG nálezy i nálezy tehdy prudce se rozvíjející mikrobiologie. Tak vznikla teorie o fokální infekci (svého času se v Americe téměř všechny choroby uváděly ve vztahu k infikovaným zubům, a proto se nějakou dobu zásadně extrahoval každý mrtvý zub s pozitivním i negativním RTG a klinickým nálezem).

Naštěstí v Evropě někteří pokračovatelé konzervativního směru pokračovali dále v aseptické cestě (Hermann, 1920). Na výskyt a stupeň bakteriemie při extrakci bylo ještě nějaký Čas pohlíženo jako na odpověď periodontálního onemocnění, což se projevovalo v chirurgické terapii. Byl ale demonstrován nepoměr mezi bakteriálním nálezem v léčbě chronických orálních infekcí a histologickým obrazem. Když byl kauterizován gingivální sulkus před extrakcí, nebyly v krevním oběhu bezprostředně po extrakci zjištěny mikroorganizmy. Postupně byl akceptován názor, že „mrtvý zub“ nemusí být nutně infekční. Později bylo dokázáno, žefunkce a užitečnost zubu závisí na integritě periodontálních tkání a ne na vitalitě pulpy. Důležité bylo také formulování teorie „prázdné trubice“ (hollowtube). V pokusu byla implantována krysám sterilní polyetylénová trubička, která byla na jednom konci uzavřená. Okolní tkáň byla relativně bez zánětu. Dále byla trubička jednou naplněna sterilní svalovinou, podruhé svalovinou infikovanou Gram-negativními koky. Zánětlivá reakce byla vždy jen okolo trubičky, která měla infekční obsah. Aplikace této teorie do endodoncie přinesla další zdokonalení instrumentária a hledání kořenové výplně, která by neiritovala periapikální tkáně a přitom perfektně hermeticky uzavírala apex zubu (respektive foramen fysiologium). Kromě toho se jako důležitý požadavek stanovil také perfektní uzávěr „druhého konce“ kořenového kanálku v místě vchodu. Více než silný antibakteriální účinek kořenových vložek klade moderní endodoncie důraz na mechanické opracování kanálku v kombinaci s účinnými vyplachovacími roztoky.